Добрый день.
Платформа не сможет получить доступ к Вашим серверам, если они закрыты прокси-сервером (BungeeCord) и выделенные им порты закрыты для доступа извне. Логично, что открытым останется только порт прокси, потому только общий онлайн с BungeeCord и будет отображаться.
